与此同时，开始布置撤军，第一军和炮一师驻留大都，戍守山南、山北诸州；第二军开赴真定镇守；第三军开赴长安镇守；第四军前往山东；第五军前往山西；第八军仍回襄樊；第十二军和十三军搭乘海船返回驻地。

        赵昺旨先将损毁的城垣和城门修复，疏通城中的路，允许逃城的百姓回城重新择地安居。被俘的蒙元官吏经筛查后可以留用，以便弥补官员短缺的况；蒙古人除商人和工匠外禁止回城，民迁往山东和两淮地区分散安置，被俘兵将和官员暂编为伍充作役军，后续再安置。

        将开战后编成的十数个保安旅改编为边防军分赴宣德、开平、宁德等沿边重镇戍守。第一军留驻直沽，保卫海防和海运通路。陆战队各自规建，工程师则负责在沿边修建戍堡，利用枯季修通大运河至大都城的运河。布置完毕，行驾乘舟沿运河南还都，至此第二次北伐胜利结束……

        九月初一，行营迁大都城，赵昺在大明举行大朝会，召见文武众臣，同时旨嘉奖有功，犒赏三军，大宴三天。但他并没有久留大都，半月后任命江璆为河北、河南和山东制置使，兼领燕京府事。

        此战后，城中的蒙古人和目人锐减，由八十余万人到不足三万，而大都城也由百万人减少至不足十五万。这样虽然残酷，但是也是为了日后的需要，要将不稳定因素消除。

        祥兴十九年，在赵昺主持行行政区域改革，大宋全境共重新规划为二十个省，一百余府、千余州（县），形成中央、省、府、州（县）四级行政理机构。

        祥兴二十一年，赵昺任命降臣方臣右为丽招讨使，动、步军三万前往丽。李氏不敢交战请降，愿为大宋属国，降

        同年，赵昺诏加海贸，巩固旧有西洋航线外，利用新开辟环球航线，打北、北市场。同时在南北皇田试种引的玉米、花生、番薯等新品种。

        调整后大宋保有禁军三十万、州军十万，边军二十万，共有兵力达六十万。而后对诸军将行调整，江钲致仕，韩振接任枢密副使，一禁军老将回京枢密院任职，一大批青壮将领晋升各主将。

        祥兴二十年，赵昺着令兵制定军事要地图谱，对禁军和州军行整编，扩充骑军，加边防军力。经多番研讨后，保留八个军的禁军，炮军扩编为五个师，骑军十个师，军保留大小舰船千艘，远征军得以继续保留作为战略支援军。地州军缩编为旅，编余兵力加到边防军。

二十里外颜才渐渐澹去。也不知是老天在为一个王朝的覆灭哀鸣，还是在迎接一个新朝的复兴。

        不过破城后所获亦是甚丰，仅粮就得到百万石之多，从旧朝勋贵手中收缴金达三十万两之巨，银两千余万两，珠宝皿无算，可见蒙元官员贪腐之盛。而中也尚存有大量宝，其中不乏女真当年掠夺汴京皇，蒙元抢临安皇中的旧，这让赵昺不由叹世事人啊！

        十日后，江璆奏报，城中基本清理完毕，此战城中军民伤亡甚重，搬运城尸达三十万。北城战斗最为激烈，毁损房屋上万间，路、商铺几乎无一得存。皇城经历阿难答的荼毒和战火波及，房屋被毁上千间，但商业区大得以留存。城中由于没有爆发激烈战斗，除皇后翰儿朵皆被烧毁，周边的殿舍受到波及外，大分殿宇得以完整保全。

        五日后，脱奏报陵墓已经建成，请旨移灵。其陵选在城外一皇苑，彷汉人陵墓修建，但仓促间建成十分简陋，规模甚小，占地不过五亩，封土只有两丈，因为南朝没有赐庙号和谥号，陵前墓碑上只能以汉蒙文题写‘元末帝之陵’。赵昺开恩，允其在陵区建寺供奉祭祀，为其守陵。